W dniu 21 listopada 2011 r. Szwajcarski Sekretariat Stanu ds. Gospodarczych (SECO) zatwierdził przygotowaną przez Warszawską Kolej Dojazdową sp. z o.o. Kompletną Propozycję Projektu pt. „Rozwój systemu publicznego transportu pasażerskiego w aglomeracji warszawskiej poprzez zwiększenie wydajności, niezawodności i bezpieczeństwa Warszawskiej Kolei Dojazdowej”. Tym samym możliwe stało się podjęcie czynności zmierzających do przygotowania stosownych umów dla przedsięwzięcia wraz z niezbędnymi załącznikami. W najbliższym czasie powinny zostać podpisane następujące umowy:
- Umowa w sprawie Projektu – pomiędzy Konfederacją Szwajcarską reprezentowaną przez Sekretariat Stanu ds. Gospodarczych (SECO) a Rzeczypospolitą Polską reprezentowaną przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego (Krajową Instytucję Koordynującą Szwajcarsko-Polski Program Współpracy).
- Umowa w sprawie Realizacji Projektu – pomiędzy Władzą Wdrażającą Programy Europejskie (Instytucja Pośrednicząca Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy) a Warszawską Koleją Dojazdową sp. z o.o. (Instytucja Realizująca przedsięwzięcie w ramach Programu).
Podpisanie pierwszej z wymienionych umów – Umowy w sprawie Projektu, powinno nastąpić w terminie nie przekraczającym ostatecznej daty zaciągania zobowiązań w ramach Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy, określonej Umową Ramową pomiędzy Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Szwajcarską Radą Federalną o wdrażaniu Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy w celu zmniejszenia różnic społeczno-gospodarczych w obrębie rozszerzonej Unii Europejskiej, tj. do dnia 14 czerwca 2012 r.