W dniu 30 września 2010 r. Warszawska Kolej Dojazdowa sp. z o.o. złożyła we Władzy Wdrażającej Programy Europejskie (Instytucja Pośrednicząca Szwajcarsko-Polskiego Programu Współpracy) dokumentację składającą się na Kompletną Propozycję Projektu pt. „Rozwój systemu publicznego transportu pasażerskiego w aglomeracji warszawskiej poprzez zwiększenie wydajności, niezawodności i bezpieczeństwa Warszawskiej Kolei Dojazdowej” – zgodnie z decyzją Szwajcarskiego Sekretariatu ds. Gospodarczych z dnia 28 października 2009 r.

W kolejnym etapie Władza Wdrażająca Programy Europejskie przeprowadzi ocenę formalną i merytoryczną złożonej Kompletnej Propozycji Projektu, a następnie za pośrednictwem Krajowej Instytucji Koordynującej (Ministerstwo Rozwoju Regionalnego) przekaże do decyzji stronie szwajcarskiej.